ردیابی سریع Armillaria mellea عامل پوسیدگی ریشه و طوقه درختان از نمونه های خاک و چوب با استفاده از تکنیک PCR آشیانه ای

نوع مقاله : علمی پژوهشی-فارسی

چکیده

بیماری پوسیدگی آرمیلاریایی ریشه و طوقه که توسط گونه­های Armillaria ایجاد می­شود، یکی از بیماری­های مهم گیاهان چوبی اعم از درختان میوه، جنگلی و زینتی در مناطق مختلف می­باشد. این بیماری در استان اصفهان به شدت شیوع دارد و همه ساله خسارت فراوانی را به درختان میوه وارد می­سازد. از آنجا که در میان درختان میوه تعداد کمی رقم مقاوم به بیماری یافت می­شود و هیچ اقدام موثری نیز در کنترل کامل بیماری وجود ندارد، ردیابی عامل بیماری در خاک جهت پایه­ریزی یک طرح مدیریتی و کاهش خسارت بیماری حائز اهمیت است. در این تحقیق جهت ردیابی سریع، حساس و اختصاصی جدایه­هایArmillaria  از نمونه­های خاک و چوب، از آغازگرهای اختصاصی AR1 و AR2 با موفقیت استفاده شد. استخراج DNA به طور مستقیم از نمونه­های خاک و چوب انجام گرفت و ناحیه ITS در مرحله اول به وسیله آغازگرهای عمومی ITS1 و ITS4 در واکنش PCR و در مرحله دوم توسط آغازگرهای اختصاصی AR1 و AR2 در واکنش nested PCR تکثیر شد. با استفاده از روش nested PCR، ردیابی بیمارگر به طور مستقیم در نمونه­های خاک و ریشه بدون نیاز به جداسازی و کشت میسلیوم آرمیلاریا و در مراحل اولیه بیماری امکان­پذیر می­باشد.

عنوان مقاله [English]

Rapid detection of Armillaria mellea Causal Agent of Root and Crown Rot in Soil and Wood Samples by Nested PCR Method

چکیده [English]

Armillaria root and crown rot is an important disease of woody plants including fruit, forest and ornamental trees in different regions. The disease is common in Isfahan and causes economical losses on a broad range of fruit trees. There only a few tolerant varieties to disease, and there is no efficient method in controlling the disease. Therefore, detection of the pathogen from soil is necessary to establish an IPM program for decreasing losses. In this study, specific primers were successfully used for rapid, sensitive and specific detection of Armillaria isolates from soil and wood samples. DNA was isolated directly from soil and wood samples and ITS region was amplified using universal primers ITS1 and ITS4 and specific primers AR1 and AR2 in nested PCR. The nested PCR method enables the detection of pathogen directly from soil and root samples without the need for isolation and cultivation of mycelium of Armillaria and in earlier steps of the disease progress.