تنوع ژنتیکی hordei Ustilago عامل بیماری سیاهک پنهان جو در استان خوزستان با استفاده از نشانگرهای رپید

نوع مقاله : علمی پژوهشی-فارسی

چکیده

بیماری سیاهک پنهان جو توسط قارچ Ustilago hordei (Pers.) Lagerh.، ایجاد می‌شود. این بیماری باعث کاهش محصول در واحد سطح شده و یکی از عوامل محدود کننده تولید جو در ایران به شمار می‌رود. در سال زراعی 88- 1387، 144 جدایه U. hordei از 36 منطقه کشت‌و‌کار جو در استان جمع‌آوری شد و تنوع ژنتیکی 100 جدایه با نشانگر مولکولی رپید بررسی شد. از میان 14 آغازگر استفاده شده، چهار آغازگر بر اساس تکثیر موفقیت آمیز، تکرارپذیری و تولید قطعات چندشکلی دی.ان.ا انتخاب شدند. چهار آغازگر رپید در مجموع توانستند 71 لوکوس با قابلیت امتیاز دهی را شناسایی و تکثیر کنند که 73/88 درصد آن‌ها (63 لوکوس) چند‌شکل بودند. بیشترین چند‌شکلی توسط آغازگرOPA 04  (19 لوکوس) و کمترین چند‌شکلی توسط آغازگر OPA 10 (11 لوکوس) حاصل شد. بالاترین مقدار PIC مربوط به آغازگرOPA 18 معادل 33/0 و کمترین آن مربوط به آغازگرهای OPA 03 و  OPA 10برابر 29/0 بود. از میان آغازگرهای استفاده شده، آغازگرهای OPA 04 و OPA 18 که مقدار MI بالاتری را به خود اختصاص دادند،می‌توانند برای مطالعه جدایه‌های U. hordei با استفاده ازنشانگر رپید در سطح وسیع بکار گرفته شوند. تجزیه خوشه‌ای الگوهای باندی حاصل از مجموع چهار آغازگر با استفاده از روش یو.پی.جی.ام.ا و ضریب تشابه جاکارد، در سطح تشابه 66 درصد جدایه‌ها را در 11 گروه انگشت نگاری قرار داد. این پژوهش، اولین مطالعه تنوع ژنتیکی جدایه‌های U. hordei با استفاده از نشانگرهای مولکولی می‌باشد.

عنوان مقاله [English]

Genetic diversity of Ustilago hordei the causal agent of barley covered smut using RAPD marker in Khuzestan province

چکیده [English]

Ustilago hordei (Pres) Lagerh is a fungus that causes covered smut of barley. This disease reduces yield and is a limiting factor in barley fields of Iran. One hundred forty four isolates of U. hordei were collected from 36 regions of Khuzestan province during 2009 and the genetic diversity of 100 isolates was evaluated by molecular markers. Four out of 14 primers were selected on the basis of successful amplification, reproducibility and production of DNA polymorphic bands. Four RAPD primers amplified 71 loci of which 63 were polymorphic. The maximum and minimum polymorphisms were obtained by OPA04 (19 Loci) and OPA10 (11 Loci), respectively. The highest PIC value was 0.33 (OPA18) but OPA03 and OPA10 primers had the lowest amount (0.29). Two primers, OPA04 and OPA18, showed highest MI and can be used for studying genetic diversity of U. hordei throughout the country. Cluster analysis of banding patterns from all four primers placed isolates into 46 fingerprint groups using UPGMA and Jaccard’s coefficient. This is the first study on genetic diversity of U. hordei using molecular marker.