شناسایی همزمان ویروس موزاییک خیار و ویروس پژمردگی لکه ای گوجه فرنگی از مزارع گوجه فرنگی و تجزیه و تحلیل تبارزایی آنها

نوع مقاله : علمی پژوهشی-فارسی

نویسندگان

1 دانشگاه زنجان،دانشکده کشاورزی. گروه گیاهپزشکی

2 دانشگاه زنجان، دانشکده کشاورزی. گروه گیاهپزشکی

3 هیئت علمی

چکیده

ویروس موزاییک خیار (Cucumber mosaic virus (CMV و ویروس پژمردگی لکه‌ای گوجه‌فرنگی Tomato spotted wilt virus (TSWV) از ویروس‌های مهم مزارع گوجه‌فرنگی است. در تحقیق حاضر، 36 نمونه‌ گیاهی دارای علایم ویروسی از مزارع گوجه‌فرنگی در برخی مناطق غرب و شمالغرب کشور جمع‌آوری شد. جهت ردیابی این دو ویروس، با استفاده از اغازگر شش نوکلئوتیدی تصادفی، یا آغازگر اختصاصی وآر‌ان‌ای کل استخراج شده از نمونه‌های گیاهی ،cDNA تهیه شد. سپس، آزمون‌های پی‌سی‌آر با استفاده از آغازگرهای اختصاصی CMV و TSWV به‌طور جداگانه انجام شد. نتایج حاصل نشان داد در شش نمونه‌ی مشکوک قطعه ٦٥٤ جفت بازی مربوط به ژن پروتئین‌پوششی CMV، و در سه نمونه، قطعه ٧٧٧ جفت بازی مربوط به ژن نوکلئوکپسید TSWV تکثیر شدند. در ادامه، آلودگی مخلوط نمونه‌های مشکوک با کاربرد همزمان آغازگرهای اختصاصی این دو ویروس در آزمون پی‌سی‌آر مورد بررسی قرار گرفت. نتایج آزمون پی‌سی‌آر بیانگر ردیابی و تکثیر قطعات مربوط به این دو ویروس بصورت همزمان در دو نمونه گیاهی بود. نمونه‌های دارای آلودگی مخلوط، علائم موزاییک، پیچیده شدن و باریک شدن برگ همراه با زردی و نکروز شدید نشان دادند که نسبت به علائم هر کدام از این دو ویروس بصورت جداگانه شدیدتر بودند. بررسی روابط فیلوژنتیکی بر اساس توالی اسید نوکلئیکی و اسید آمینه‌ای در یکی از نمونه‌هایی که دارای آلودگی مخلوط بود نشان داد جدایه‌ CMV با جدایه‌هایی از ایران و هند که از گوجه‌فرنگی و کدوئیان جدا شده اند در یک خوشه قرار گرفت و جدایه TSWV با جدایه‌هایی از ترکیه، مونتنگرو، ایتالیا هم‌گروه بود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Simultaneous identification of Cucumber mosaic virus and Tomato spotted wilt virus from tomato fields and their phylogenetic analysis

نویسندگان [English]

  • Mahsa Abadkhah 1
  • Zahra Kashiha 2
  • Davood Koolivand 3
  • Omid Eini Gandomani 1
1
2
3
چکیده [English]

Cucumber mosaic virus (CMV) and Tomato spotted wilt virus (TSWV) are important viruses in tomato fields. In this research, 36 tomato plant samples showing viral symptoms were collected from fields in various regions of west and northwest of Iran. To detect CMV and TSWV, cDNAs were prepared using Random Hexamer primer and total RNAs extracted from the collected samples. The prepared cDNAs and specific primers for CMV-coat protein (CP) gene and TSWV-nucleocapsid (N) gene were used to amplify a part of each virus genome by Polymerase Chain Reaction (PCR), separately. The results revealed that a 654 bp fragment from the CMV-CP and a 777 bp fragment from TSWV-N were amplified from six and three samples, respectively. To detect mixed infection of CMV and TSWV in tomato plants simultaneously, we used their specific primers in a single PCR assay. DNA fragments from both viruses were amplified from two samples. In these plants more severe symptoms such as deformation, mosaic, chlorosis and necrosis on the leaves were observed and compared to the specific symptoms in plants infected by either CMV or TSWV. Phylogenetic tree of mixed isolates based on nucleic acid and amino acids showed that the isolate of CMV in this research were grouped with isolates from Iran and India whereas TSWV isolate were grouped with isolates from different country such as Turkey, Italy and Montenegro.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Cucumovirus
  • Tospovirus
  • mixed infection
  • RT-PCR