خالص سازی، تهیه آنتی سرم و تعیین جایگاه تاکسونومیکی جدایه آفتابگردان ویروس موزاییک زرد لوبیا بر اساس ترادف ناحیه CI ژنوم

نوع مقاله : علمی پژوهشی-فارسی

نویسندگان

1 دانشجو

2 استاد

چکیده

ویروس موزاییک زرد لوبیا (از خانواده پوتی ویریده و جنس پوتی ویروس) با دارا بودن دامنه میزبانی وسیع می‌تواند بر روی محصولات مختلف خسارت زیادی وارد کند. اخیرا این ویروس برای اولین بار به صورت طبیعی از مزارع آفتابگردان استان اصفهان شناسایی شده است. در این پژوهش ویژگی‌های یک جدایه‌ی انتخابی با نام اختصاری BYSun مورد بررسی قرار گرفت. خالص سازی فیزیکی جدایه‌ی مورد مطالعه با استفاده از دو دور سانتریفوژ افتراقی بر روی بالشک‌های سوکروز 20% و 30% انجام شد. از هر 100 گرم بافت آلوده حدود 20-15 میلی‌گرم ویروس خالص به‌دست آمد. وزن مولکولی پروتئین پوششی آموده ویروس خالص BYSun به روش SDS-PAGE، 5/33 کیلو دالتون برآورد گردید. آنتی سرم جدایه مورد بررسی با استفاده از پنج تزریق هفتگی آموده خالص ویروس به خرگوش تهیه شد. نتایج آزمون الیزا نیز مشخص کرد رقت 2500/1 گاماگلوبولین این آنتی سرم از نظر اقتصادی مناسب‌ترین رقت می‌باشد. مقایسه ترادف نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی به دست آمده از ناحیه CI ژنوم با ترادف‌های موجود در GenBank در پایگاه اطلاعاتی NCBI با استفاده از برنامه BLAST بیشترین شباهت را با جدایه BYMV-S از استرالیا نشان داد. تجزیه و تحلیل درخت های فیلوژنتیک حاصل از مقایسه ترادف این ناحیه از ژنوم جدایه‌ی BYSun با سایر جدایه‌های BYMV نشان داد این جدایه‌ها در شش گروه General، Lupin، Broad bean ، W ، Pea و S قابل تفکیک هستند که تا حدود زیادی با منشاء میزبانی آن‌ها مطابقت دارد. جدایه BYSun به همراه BYMV-S در شاخه S جای می‌گیرد

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Virion purification, antiserum production and taxonomic position of Iranian sunflower isolate of Bean yellow mosaic virus (BYMV) based on sequence of CI region of the genome

نویسندگان [English]

  • Mohammad Moradi 1
  • Ahmad Hosseini 2
  • Samin Hosseini 2
1
2
چکیده [English]

Bean yellow mosaic virus (BYMV) is a member of genus Potyvirus within the large and economically important family Potyviridae. During 2010-2012 growing seasons, a BYMV isolate was detected in sunflower fields of Isfahan province (Iran), tentatively designated as BYSun. Virions of BYSun were purified using two cycles of differential centrifugation on 20% and 30% sucrose cushions. SDS-PAGE of purified virus preparations revealed a single protein band with MW of about 33.5 kDa for BYSun. The prepared antiserum against BYSun reacted specifically with infected but not with healthy broad bean sap in serological tests. A 680 bp DNA fragment, corresponding to the partial CI (cylindrical inclusion) region of the viral genome of four selected isolates, was amplified using CIRev/CIFor primers able to detect members of the family Potyviridae. BLAST search showed that the most similar sequence in the databases was that of BYMV-S. Nucleotide sequence identities of BYSun whole genome to those of other BYMV isolates ranged from 75 to 98%. The deduced amino acid sequence of BYSun polyprotein was 85-99% identical to other isolates of BYMV. Phylogenetic analysis of most parts of the genome (especially CP) of different BYMV isolates sequences revealed eight distinct groups including General, Lupin, Monocot, Broad bean, W, Pea, Canna and S. These groups correlated with original natural isolation hosts. BYSun and BYMV-S grouped apart from other isolates, so it was placed within a distinct group called “S”. BYSun is the first isolate of BYMV with fully sequenced genome in Iran

کلیدواژه‌ها [English]

  • Bean yellow mosaic virus
  • sunflower
  • BLAST
  • taxonomic position